腸系膜上動脈栓塞或血栓形成都造成缺血，故兩者的大多數臨床表現相同。病人以往有冠心病史或有心房纖顫，多數有動脈硬化表現。在栓塞病人有1/3曾有肢體或腦栓塞史，由于血栓形成的癥狀不似栓塞急驟，僅少數病人在發病后24h內入院，而栓塞病人90%在1天以內就醫。
劇烈的腹部絞痛是最開始的癥狀，難以用一般藥物所緩解，可以是全腹性也可是臍旁、上腹、右下腹或恥骨上區，初期由于腸痙攣所致，其后有腸壞死，疼痛轉為持續，多數病人伴有頻繁嘔吐，嘔吐物為血水樣。腹痛的性質、部位及病程演變的過程與其他急腹癥的發作形式有許多相同之處，因其缺乏明顯臨床特征，發病率僅占腸梗阻病人總數的0.23%～0.7%，因此臨床醫生常對此病認識不足，誤診率高。直至晚期出現腹膜刺激和中毒性休克時，雖經積極治療但由于內環境已嚴重失衡而喪失良機。早期，腹部多無固定壓痛，腸鳴音活躍或亢進，易誤診為其他疾病。在發病6～12h后，患者就可能出現麻痹性腸梗阻，此時有明顯的腹部膨脹，壓痛和腹肌緊張、腸鳴音減弱或消失等腹膜炎的表現和全身性反應。在發病初期出現消化道出血表現，患者嘔吐物常為一種不含凝血塊的暗紅色胃腸液和排出血水樣便，是由于急性腸系膜動脈閉塞使腸壁缺血、缺氧、腸黏膜壞死，血漿滲出至腸腔所致。
患者病前如有心臟及動脈栓塞病史，更應高度警惕本病的發生。因此對有心臟及動脈硬化病史，驟發劇烈腹痛，持續加重，一般止痛藥無效，同時伴有胃腸道出血應視為急性腸系膜上動脈閉塞的早期征兆。臨床稱其為急性腸系膜血管閉塞Bergan三聯征，即劇烈而沒有相應體征的上腹和臍周疼痛，器質性和并發房顫的心臟病，胃腸道排空表現等。但要注意一些老年患者及腦梗死病人對疾病的反應程度和表述能力減弱，應更注重查體的陽性結果和病情的變化。腹腔穿刺抽出血性腹水應考慮腸系膜動脈閉塞的可能。但須與胰腺炎、腸絞窄等疾病鑒別。