原發性腹膜炎的癥狀、體征與繼發性腹膜炎相似，實驗室檢查結果亦多相同。但只能采取非手術療法則與繼發性腹膜炎迥異。故應注意鑒別。原發性腹膜炎與繼發性腹膜炎的鑒別要點如下：
1.原發性腹膜炎主要見于肝硬化腹水、腎病綜合征等免疫功能減退的病人及嬰幼兒，尤其是10歲以下的女童。而繼發性腹膜炎則大多無此類局限。
2.發生于肝硬化腹水者的原發性腹膜炎起病較緩，腹部體征中的“腹膜炎三聯征”往往不甚明顯。發生于嬰幼兒的原發性腹膜炎起病較急、“腹膜炎三聯征”亦多不及繼發性腹膜炎明顯。
3.腹腔內無原發感染病灶是原發性腹膜炎與繼發性腹膜炎區別的關鍵。X檢查如發現膈下游離氣體則是繼發性腹膜炎的證據。
4.腹腔穿刺，取腹水或腹腔滲液作細菌涂片與培養檢查。原發性腹膜炎都為單一細菌感染而繼發性腹膜炎幾乎皆是混合性細菌感染。