新一代腫瘤基因測序，數據質量是基石

　　腫瘤細胞的一個明確特點是其復雜的異質性，存在個體不同細胞間，不同個體間，另根據現有的研究基礎，已經發現腫瘤基因層面變異頻率普遍較低，各種因素告訴我們，在復雜的背景中確定腫瘤突變，首先測序堿基的準確率必須過關。原始數據的堿基識別準確性越高，使用的信息分析方法越合理標準，對測序深度的要求就會越低。在保證突變準確識別下，可以降低測序成本，從而使NGS測序真正高效經濟的解答腫瘤的生物學問題。

　　 原始數據的準確性，通常由測序原理決定的。目前主流測序提供者Illumina采用邊合成邊測序的原理，dNTP 帶有熒光基團和終止基團，每次只能延伸一個堿基。 這種看似低效的合成方式，正是測序質量得到保證的技術關鍵。Q30 (堿基的可靠性為99.9%)是表征原始數據質量的公認參數，其值越高，表示數據質量越高1。

　　 高質量的原始數據是后續準確分析的基石，配合合適的數據處理軟件，才可以得到準確的突變結果。對于SNP 突變，各種軟件的性能相似；Indel突變類型，對功能影響通常比較大，是一類比較重要的突變類型，其檢測難度也比較大，在這種情況下，對算法及數據質量要求都比較高。

　　 從檢測結果的準確性角度，2016年Sara Goodwin等人2總結了NGS測序技術的權威綜述，羅列10年內出現過的各測序平臺的性能準確性比較，基于各檢測平臺的原理不同，出現對各類變異的檢出性能不一，如基于SBS邊合成邊測序Illumina測序平臺的堿基檢出準確性較高；對于基于半導體讀取技術平臺性能尚可但需留意短片段缺失1%的錯誤率；而新興的單分子合成的測序領域雖然有長度長優勢，但準確性上還有待改善。

　　 腫瘤標本中腫瘤細胞可能占比越低，檢測難度更高，原始數據質量，算法，以及測序深度都會成為至于突變檢測的要素，而其中測序深度又與成本息息相關。當突變頻率比較高的時候，軟件之間的差別并不明顯，對測序深度的要求也很容易達到(40% 的低頻突變僅需要20X 的測序深度即可達到穩定的敏感性)；當突變頻率降低到20%的時候，性能稍差的的軟件將會需要更多的測序深度才能達到穩定的突變檢測敏感性。3

基于不同檢測方法的腫瘤變異檢測敏感性

　　 鑒于腫瘤檢測的特點，新一代測序的原始堿基數據是后續變異檢出的基石，其質量至關重要。下機數據是所有后續分析的基礎，檢測軟件與測序深度也影響了最終的檢測結果和臨床價值。只有選擇”精準”的NGS平臺，穩健的走好第一步，才能以合適的測序深度完成經濟高效的實驗過程，才能繼續聯合兼容穩定的軟件得到較高的臨床”真實”變異，讓臨床更有把握的展開諸如籃子、雨傘計劃，最終推動腫瘤領域精準醫療的長遠發展。