本病臨床表現、腦脊液常規影像學特點等與結核性腦膜炎極為相似，兩者鑒別需依靠病原學證據。另外，還應與病毒性腦炎、腦膿腫、顱內腫瘤、腦豬囊尾蚴病(囊蟲病)等相鑒別。其他腦部真菌病還有曲菌病和毛真菌病也應注意鑒別。
