1.中毒性腸麻痹 當原發病為腹瀉或敗血癥時，甚易把NEC誤診為中毒性腸麻痹。但中毒性腸麻痹無便血，X線片上無腸壁間積氣等。
2.機械性小腸梗阻 X線腹片上，液面的跨度較大，腸壁較薄，無腸間隙增寬、模糊，無腸壁積氣，再結合臨床則易區別。
3.腸扭轉 腸扭轉時機械性腸梗阻癥狀重，嘔吐頻繁，腹部X線平片示十二指腸梗阻影像，腹部密度均勻增深，并存在不規則多形氣體影，無明顯充氣擴張的腸曲。
