基本原理
木瓜蛋白酶能使N-苯甲酰-L-精氨酸乙酯（底物）水解而釋出N-苯甲酰-L-精氨酸，其釋出量可用氫氧化鈉液滴定，以此確定酶活力。
酶活單位
在25℃下，每分鐘內能催化分解1umol底物的酶量，稱為1單位。
試液制備
1、底物溶液：準確稱取N-苯甲酰-L-精氨酸乙酯鹽酸鹽1.42g，加10mmol/LEDTA、50mmol/L半胱氨酸液2.6mL，加適量水，用0.1mol/L氫氧化鈉液調節pH至6.2，最后定容至50.0mL。
2、待測酶液：取試樣用水稀釋至適當濃度，并調節至pH6.2。
測定方法
25℃恒溫條件下，取25mL燒杯裝在pH自動滴定儀上，加底物溶液3.75mL、3mol/L氯化鈉溶液2.50mL、重蒸餾水1.25mL，混合后加入待測酶液后立即計時，用0.1mol/L氫氧化鈉在電磁攪拌下連續滴定以保持pH6.2，記下每分鐘所耗0.01mol/L氫氧化鈉毫升數。同時進行空白校正。按下式計算木瓜蛋白酶的活力P（單位/mg）：
P =C·ΔV·1000/W
式中：c：氫氧化鈉液的濃度，mol/L；ΔV：每分鐘消耗氫氧化鈉液的體積減去空白值；W：反應液中木瓜蛋白酶的質量，mg。