核酸專用色譜儀種類有多種。
1、按分離目的可分：化驗室核酸專用色譜儀和工業核酸專用色譜儀。
2、按洗脫方式可分：等度洗脫核酸專用色譜儀和梯度洗脫核酸專用色譜儀。
3、按功能可分：分析型核酸專用色譜儀和制備型核酸專用色譜儀。
4、按流動相物理狀態可分：核酸專用氣相色譜儀和核酸專用液相色譜儀。
5、按固定相和流動相的極性大小可分：正相核酸專用色譜儀和反相核酸專用色譜儀。
