核酸抽提與純化是分子生物學試驗的基礎，核酸純化方法是影響提取核酸質量高低的重要因素，也是下游分子生物學試驗成敗的關鍵。
核酸純化的方法及原理如下：
一、PC抽提法
PC 抽提是去除蛋白質有效的手段，但超過了該飽和度，裂解體系中的蛋白質不會被一次去除，必須靠多次抽提，方可徹底去除。且每次抽提都會損失部分核酸。另外，體系太粘稠的壞處是，蛋白質難以徹底去除，以及基因組 DNA 會斷裂得更厲害，所以要注意裂解液與樣品的比例。PC 抽提的另外一個用途是，利用酸性酚可以部分去除 DNA 的特點，在 RNA 抽提時獲得 DNA 殘留極少的 RNA。不過有一點要提醒的是，某些植物樣品，在去除某些雜質之前，是不能使用 PC 抽提的，否則核酸必定降解。PC抽提大的優勢是成本低廉，對實驗條件要求較低，對于經費緊張的實驗室較為實用。
二、高鹽沉淀法
高鹽沉淀蛋白質/醇沉淀方法，同樣也是一個非常不錯的方法。與 PC 抽提方法相比，除了純度的穩定性可能要低一點外，該方法幾乎克服了 PC 抽提的所有缺點。更快、更輕松的去除蛋白質所可以用于大規模抽提，但其不足之處是純度 (蛋白質殘留) 不夠穩定，蛋白質的沉淀效率在4℃會更好一些。
三、離心柱法
離心柱純化法，是目前試劑盒提取廣泛應用的方法。其大特點是受人為操作因素影響小，純度的穩定性很高 (雖然純度不一定比PC 純化方法更高)。加入的液體通過離心后會進入另外一個離心管中，與含有核酸的柱子完全是分開的，所以洗滌更徹底。其致命弱點是樣品過量，提取效率較低，且需要反復離心，操作復雜，成本也較高。
四、生物磁珠法
生物磁珠法是將純化介質包被在納米級生物磁珠表面，通過介質對核酸的吸附，在外加磁場下使核酸附著于磁珠定向移動，從而達到固液分離純化的作用。與其他幾種方法相比，生物磁珠法具有很多無法比擬的優勢，如：
①提取靈敏度高（微量材料即可提取）
②純化純度高（完全與蛋白鹽等雜質分離）
③提取產量高（每mg磁珠能吸附500ug DNA）
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