鼻腦毛霉菌病是最常見的類型，但有時也可發生原發性皮膚，肺或胃腸道病變，經血流播散到其他部位也可發生。鼻腦感染通常是暴發性的，并且常致死。組織壞死性病變常發生于鼻粘膜，有時可見于腭部。菌絲侵犯血管可引起鼻中隔、腭和眼眶或鼻竇周圍骨骼的進行性組織壞死。臨床表現為疼痛、發熱、眼眶蜂窩織炎、眼突出、膿性鼻涕和粘膜壞死。壞死的進行性擴展可累及大腦，而引起篩狀竇栓塞體征、驚厥、失語或偏癱。糖尿病酮酸中毒癥的病人最易受感染。但機會性感染也可發生在接受腎去鐵胺治療的慢性腎病患者，或有免疫抑制的病人，特別是伴有中性粒細胞減少癥或接受大劑量皮質類固醇治療的病人。肺感染與侵襲性曲菌病相似。在用封閉敷料情況下可發生皮膚根霉菌感染。
2021年5月9日，印度“全國新冠工作組”（ the national Covid-19 task force）的專家就“毛霉菌病”發表了醫學建議。專家稱，“毛霉菌病”是一種罕見，但可能導致嚴重后果的疾病，由環境中自然存在的“毛霉”真菌引發。“毛霉菌病”可能造成眼、鼻發紅疼痛，并伴有發燒、頭疼、咳嗽、呼吸急促等癥狀，嚴重情況下還可能造成上頜骨受損甚至失明。