根據電泳中是否使用支持介質分為自由電泳和區帶電泳。
自由電泳不使用支持介質，電泳在溶液中進行。這類電泳又分為非自由界面電泳和自由界面電泳兩類。非自由界面電泳指懸浮在溶液中的帶電粒子（如各種細胞）通電后全部移動，不出現界面，如顯微電泳等。自由界面電泳中被分離物質集中在某一層，形成各自的界面而進行定性或定量分析。自由界面電泳需要昂貴精密的電流儀器，僅在少數特殊電泳如等電聚焦電泳和等速電泳中使用。
區帶電泳都使用支持介質，根據支持介質不同分為濾紙電泳、醋纖膜電泳、薄層電泳和凝膠電泳等。此外，根據支持介質的裝置形式不同又可分為水平板式電泳、垂直板式電泳、垂直盤狀電泳、毛細管電脈、橋形電泳和連續流動電泳等。