毛細管電泳的缺點是：
（1） 由于進樣量少，因而制備能力差；
（2） 由于毛細管直徑小，使光路太短，用一些檢測方法（如紫外吸收光譜法）時，靈敏度較低；
（3）電滲會因樣品組成而變化，進而影響分離重現性。
