氟尿嘧啶氯化鈉注射液的副作用包括惡心、食欲減退、嘔吐、口腔黏膜炎或潰瘍、腹部不適或腹瀉、周圍血白細胞減少、血小板減少、咳嗽、氣急、小腦共濟失調、脫發、靜脈滴注外藥物外溢可能引起的局部疼痛、壞死或蜂窩組織炎、長期應用可能導致神經系統毒性以及偶見的心肌缺血。