與蛋白酶復合使用，可以大幅度提高蛋白質的水解度。在醬油釀造、干酪生產及其它蛋白水解產品的制備過程中，可以提高蛋白質的利用率，節省成本。如崔春、趙謀明等利用風味蛋白酶（蛋白酶和氨肽酶的復合體）深度酶解藍園魚參蛋白，酶解 6h 后蛋白質的利用率即達到 83.3%，21h 時水解度達到59.7%。
