1.對癥處理
臨床治療以對癥處理為主。如急性期宜加強護理，注意休息，保持適當進食和水分；吐瀉者要糾正脫水、酸中毒；有顱壓高時用20%甘露醇；驚厥和嚴重肌痛者給予鎮靜止痛藥；急性心肌炎伴心衰應快速洋地黃化，及時供氧，積極搶救；輕癱時注意肢體溫度，保持功能位，予以相應理療、針灸；對體弱者，嬰幼兒危重者，支持療法不應忽視；應預防繼發感染。
2.抗病毒治療
重癥者可考慮使用干擾素，利巴韋林等核苷類抗病毒藥物。免疫球蛋白中存在多種腸道病毒的中和抗體。高危兒（母親分娩前1周內有疑似腸道病毒感染者，新生兒室內有腸道病毒感染者）出生后肌注入血丙種球蛋白250mg，可減少發病及減輕病情。也可靜脈用人血丙種球蛋白（IVIG），應用3～5天，早期可阻止腸道病毒在患兒體內復制。并可刺激機體產生相應抗體；用流行期恢復期患者血清制備的免疫球蛋白也有治療效果。未明確病原體前，可酌情使用抗生素。