1、高通量：將許多種不同熒光編碼的微球放在同一反應體系內，一次可同時檢測2-500種生理病理指標，這與傳統方法的逐個檢測相比是質的飛躍。
2、高敏感性：流式熒光技術最高的檢測下限可達0.01 pg/ml，常規的酶聯免疫吸附試驗(ELISA)僅為μg級，比后者檢測的靈敏度提高10—100倍。
3、線性范圍寬：檢測的線性范圍比常規的ELISA方法高10倍以上，可達3-5個數量級。檢測濃度范圍為pg-μg級。
4、反應快速：因流式熒光技術的雜交或免疫反應在懸浮的液相中進行，反應所需的時間短(從2 h縮短到20—40 min)，雜交后常不用清洗，即可直接讀數，所以檢測效率高于固相雜交。
5、重復性好：雜交發生在準均相液體環境中，其結果穩定，重復性非常好。檢測時，抽取其中的100顆微球讀數，最終的數據取其均值或中位值，這樣可將誤差減到最小。
6、利于探針和被檢測物的充分反應：由于液相環境更有利于保持蛋白質的天然構象，所以也更有利于探針和被檢測物的反應。
7、操作簡便：流式熒光技術平臺的整個反應過程只涉及加樣和孵育，最后上機讀數，操作步驟少，簡單易用。