流感病毒變異有抗原性變異、溫度敏感性變異、宿主范圍以及對非特異性抑制物敏感性等方面的變異，但最主要的是抗原性變異。抗原性變異與其他病毒不同，特點是表面抗原HA和NA易變異。變異有兩種形式，即抗原性轉變和抗原性漂移。
流感病毒表面抗原變異幅度的大小，直接影響到流感規模。若變異幅度小，屬于量變，稱為抗原漂移，產生病毒的信株，可引起中小型流行。如果抗原變異幅度大，屬于質變，稱為抗原性轉變，形成新的亞型，此時人群普遍缺乏對它的免疫力，往往引起較大的流行，甚至世界性流行。
如甲型流感病毒的HA，NA容易發生抗原轉變，構成HA,NA的大部分或全部氨基酸均可發生改變，出現抗原性完全不同的新亞型。變異由量變累為質變。當新的流感病毒亞型出現時，人群普遍對其缺乏免疫力，因此容易引起大流行。
在感染人類的三種流感病毒中，甲型流感病毒有著極強的變異性，乙型次之，而丙型流感病毒的抗原性非常穩定。
乙型流感病毒的變異會產生新的主流毒株，但是新毒株與舊毒株之間存在交叉免疫，即針對舊毒株的免疫反應對新毒株依然有效。
甲型流感病毒是變異最為頻繁的一個類型，每隔十幾年就會發生一個抗原性大變異，產生一個新的毒株，這種變化稱作抗原轉變亦稱抗原的質變；在甲型流感亞型內還會發生抗原的小變異，其表現形式主要是抗原氨基酸序列的點突變，稱作抗原漂移亦稱抗原的量變。抗原轉變可能是血凝素抗原和神經氨酸酶抗原同時轉變，稱作大族變異；也可能僅是血凝素抗原變異，而神經氨酸酶抗原則不發生變化或僅發生小變異，稱作亞型變異。
對于甲型流感病毒的變異性，學術界尚無統一認識，一些學者認為，是由于人群中傳播的甲型流感病毒面臨較大的免疫壓力，促使病毒核酸不斷發生突變。另一些學者認為，是由于人甲型流感病毒和禽流感病毒同時感染豬后發生基因重組導致病毒的變異。后一派學者的觀點得到一些事實的支持，實驗室工作顯示，1957年流行的亞洲流感病毒(H2N2)基因的八個節段中中有三個是來自鴨流感病毒，而其余五個節段則來自H1N1人流感病毒。
甲型流感病毒的高變異性增大了人們應對流行性感冒的難度，人們無法準確預測即將流行的病毒亞型，便不能有針對性地進行預防性疫苗接種，另一方面，每隔十數年便會發生地抗原轉變更會產生根本就沒有疫苗的流感新毒株。
時轉變，稱作大族變異；也可能僅是血凝素抗原變異，而神經氨酸酶抗原則不發生變化或僅發生小變異，稱作亞型變異。
對于甲型流感病毒的變異性，學術界尚無統一認識，一些學者認為，是由于人群中傳播的甲型流感病毒面臨較大的免疫壓力，促使病毒核酸不斷發生突變。另一些學者認為，是由于人甲型流感病毒和禽流感病毒同時感染豬后發生基因重組導致病毒的變異。后一派學者的觀點得到一些事實的支持，實驗室工作顯示，1957年流行的亞洲流感病毒(H2N2)基因的八個節段中中有三個是來自鴨流感病毒，而其余五個節段則來自H1N1人流感病毒。
甲型流感病毒的高變異性增大了人們應對流行性感冒的難度，人們無法準確預測即將流行的病毒亞型，便不能有針對性地進行預防性疫苗接種，另一方面，每隔十數年便會發生地抗原轉變更會產生根本就沒有疫苗的流感新毒株。