形態與結構
乙腦病毒為球形，直徑50nm[2]，內有衣殼蛋白（C）與核酸構成的核心，外披以含脂質的囊膜，表面有囊膜糖蛋白（E）刺突，即病毒血凝素，囊膜內尚有內膜蛋白（M），參與病毒的裝配。病毒基因組為單股正鏈RNA，全長11kb，自5′至3′端依次編碼結構蛋白C、M、E以及非結構蛋白NS1—NS5，病毒RNA在細胞漿內直接起mRNA作用，翻譯出結構蛋白和非結構蛋白，在胞漿粗面內質網裝配成熟，出芽釋放。
敏感動物與細胞
乳鼠是常用的敏感動物，腦內接種乙腦病毒后3～4天發病，一周左右死亡，腦組織內含大量感染性病毒，是分離病毒、大量制備抗原的可靠方法。
BHK細胞系、C6/36細胞系及雞胚成纖維細胞是常用的敏感細胞，病毒在細胞內增殖引起細胞圓縮、顆粒增多、細胞脫落等CPE。在培養上清中含有傳染性病毒，胞漿內胞膜上可檢出特異性抗原。細胞培養增殖病毒簡便易行，已取代動物培養用物制備疫苗、診斷抗原，以及研究病毒復制機理、篩選抗病毒藥物等。
抗原特性
乙腦病毒抗原性穩定，在同一地區不同年代分離的毒株之間未發現明顯的抗原變異。E糖蛋白上有中和抗原表位和血凝抗原表位，可誘發機體產生中和抗體和血凝抑制抗體，在感染與免疫中重要作用。用單克隆抗體做交叉血凝抑制試驗證實E糖蛋白上有與黃病毒屬成員廣泛并叉的屬特異性抗原，也有僅與圣路易、墨里谷、西尼羅腦炎病毒交叉的亞組物異性抗原，以及僅乙腦病毒具有的種特異性抗原。不同特異性單克隆抗體已用于研究乙腦病毒抗原結構與功能以及鑒定新分離的毒株，解決了常規免疫血清特異性低的問題。
乙腦病毒囊膜糖白具有血凝特性，能凝集鵝、鴿、雛雞紅細胞，在pH6.2～6.4條件下凝集滴度高。病毒血凝素與紅細胞結合是不可逆的，但這種病毒與紅細胞形成的復合物仍有感染性，加入特異性抗體可抑制這種血凝現象。
對理化因素的抵抗力
乙腦病毒對熱抵抗力弱，56℃30分鐘滅活，故應在-70℃條件下保存毒株。若將感染病毒的腦組織加入50%甘油緩沖鹽水中貯存在4℃，其病毒活力可維持數月。乙醚、1：1000去氧膽酸鈉以及常用消毒劑均可滅活病毒。在酸性條件下不穩定，適宜pH8.5～9.0。