已發現溶酶體內有60余種酸性水解酶（至2006年），包括蛋白酶、核酸酶、磷酸酶、糖苷酶、脂肪酶、磷酸酯酶及硫酸脂酶等。
這些酶控制多種內源性和外源性大分子物質的消化。
因此，溶酶體具有溶解或消化的功能，為細胞內的消化器官。
