生物反應器，是指利用自然存在的微生物或具有特殊降解能力的微生物接種至液相或固相的反應系統。
研究得最多的兩種反應器是“升降機型反應器”和“土壤泥漿反應器”。升降機型反應器是通過水相的流動來提供適當的營養、碳源和氧氣，從而達到降解土壤中污染物質的目的。與固相系統相比，生物反應器能夠在更短的時間內將污染物進行有效降解。
該生物反應器技術已經應用于有機污染土壤的生物修復中。
