微生物鑒定的應用：通過每種細菌分離物的生物質譜可得到基于每種細菌惟一的肽模式或指紋圖譜來鑒別細菌，Hsu已用串聯質譜鑒定了沙門菌 J。由于蛋白質在細菌體內的含量較高，生物質譜可常用于細菌屬、種、株的鑒定；而串聯質譜還可針對糖類或脂類的脂肪酸組成進行鑒定；此外，通過對生物樣本進行處理后，串聯質譜也可從單細菌水平發現和確定病原菌及孢子；對特殊脂質成分的分析則可了解樣本中病原菌的活力和潛在感染。
