（1）皮膚、軟組織感染 皮膚及軟組織感染大多數為金葡菌所引起，少數的致病菌可為表葡菌，主要有癤、癰、毛囊炎、膿皰、膿皰瘡、天皰瘡、外耳炎、傷口感染、海綿竇血栓形成、瞼腺炎、褥瘡感染、肛周膿腫等。當皮下組織和毛囊被金葡菌感染時，則可有癤的形成，常見于頸、腋下、臀部及大腿等處，復發多見。癰多發生于頸后及背部，系一紅腫、疼痛并多竇道排膿的巨大硬結。毛囊炎系葡萄球菌的表淺感染。須瘡為繼發于毛發異物反應的一種感染，多數為表葡菌所致。新生兒可患皮膚膿瘡，偶可患很嚴重、遍及全身、主要呈大皰的天皰瘡。皮損為水皰，破裂后有膿液滲出及痂蓋形成稱為膿皰瘡。外耳炎及傷口（手術或創傷）感染絕大多數為金葡菌引起。后者可表現為輕度紅斑、漿液滲出，以至蜂窩織炎和傷口裂開排膿。海綿竇血栓形成系金葡菌面部感染的少見而嚴重的并發癥。甲溝炎和瞼腺炎均主要為金葡菌所致，而肛周膿腫特別伴有肛門瘺者和壓瘡感染則多數為腸道細菌所致，病原菌為金葡菌者僅占少數。
（2）敗血癥 葡萄球菌是敗血癥的常見致病菌。多數表現為大關節的局部疼痛和活動受限，但也有呈化膿性關節炎者。約2/3病例病程中發生遷徙性損害和（或）膿腫，按發生率多寡依次為皮下軟組織膿腫、肺炎和胸膜炎、化膿性腦膜炎、腎局限性炎癥或膿腫、關節膿腫、肝膿腫、海綿竇血栓形成、心內膜炎、骨髓炎（累及脊柱、股骨、脛骨、橈骨或尺骨等）、心包炎、腹膜炎等。
（3）心內膜炎 可發生于下列情況：①在葡萄球菌敗血癥過程中，正常或受損瓣膜均可被累及；②人工心臟瓣膜裝置術后2個月以上，胸骨創口感染，導尿、拔牙等所致的暫時性菌血癥；③起搏器裝置后（罕見）；④經靜脈補液或靜脈注射毒品等途徑所致。金葡菌所致的心內膜炎大多呈急性病程，起病急驟，有寒戰、高熱及毒血癥征象。因常發生于心臟正常的患者，故病程早期可無心雜音，繼而在病程中出現病理性雜音，原有雜音者則雜音可有明顯改變。一般波及主動脈瓣，而注射毒品者則可累及右心和三尖瓣。皮膚和黏膜瘀點的出現率遠較草綠色鏈球菌所致者為少，腎、腦、眼底等栓塞也不常見。早期即可出現心功能不全（約30%）。遷徙性感染較多見，50%的患者有腎臟化膿性感染，40%有腦膜炎或腦膿腫，30%有肺炎、肺膿腫或肺梗死。表葡菌心內膜炎可發生于人工瓣膜裝置術后，偶也發生于有病變的心臟，如風濕性心臟病、先天性心臟病、動脈硬化性心臟病等，其臨床經過大多呈亞急性。
（4）肺炎 葡萄球菌肺炎的病原菌絕大多數為金葡菌，原發性者較少見，大多繼發于病毒性肺部感染（麻疹、流感等）后，或由血行播散所致。患者以嬰幼兒為多見，成人患者少見。嬰兒患麻疹后易并發金葡菌肺炎，其特點為病情迅速發展。
（5）腦膜炎 葡萄球菌腦膜炎也主要為金葡菌所引起，在各種化膿性腦膜炎中僅占1%～2%。該病多見于2歲以下的幼兒，但成人也占一定的比例。各季節均有發病，但以7、8、9月比較多見，此與夏、秋季皮膚感染較多有關。
（6）尿路感染 葡萄球菌尿路感染多數由表葡菌和腐葡菌所引起，表葡菌尿路感染常見于留置導尿管的患者，尤多見于切除前列腺的患者。一般無癥狀，移去導尿管后病原菌即自行消失，但在少數情況下也可出現癥狀而需抗菌藥物治療。腐葡菌尿路感染在國外相當常見，通常易致膀胱炎，但也可累及上尿路，并曾從患者的腎結石中被分離出，大多菌株能分解尿素和對新生霉素耐藥。
（7）骨及關節感染 金葡菌可致急性化膿性骨髓炎，以兒童及男性多見，常累及股骨下端及脛骨上端，其次為脊柱、肱骨、踝、腕、骨盆、橈骨等。可為血源性感染，亦可繼發于外傷或化膿性關節炎：先從骨骺端發病，局部形成膿腫后，向近骺端擴散至骨膜下或骨髓腔內，引起骨膜下膿腫，或穿破于皮下形成皮下膿腫。約10%患者穿入關節囊引起化膿性關節炎。有慢性骨髓炎形成竇道者，經年不愈。病灶周圍骨膜增生形成修補骨層，稱為包殼，為化膿性骨髓炎特征之一。臨床表現可見急起畏寒、高熱、局部肌肉緊張，患者拒絕移動患肢，局部骨骼有壓痛，皮膚發熱、水腫。骨髓穿刺培養80%～90%可檢出金葡菌。X線檢查，第2～3周常出現骨質疏松，以后出現骨膜增生，死骨形成及新骨增生；用放射性核素鍶與氟進行掃描，發現病灶較X線為早。急性病灶經及時抗菌治療大多預后良好，少數病例可在同一部位反復發作形成慢性感染。金葡菌引起化膿性脊柱炎侵犯腰椎者占半數，其次為胸椎及頸椎。常有低熱、背痛，且向兩腿放射，局部肌肉疼痛性痙攣，運動受限，可并發椎旁膿腫。X線檢查從2～3周開始可見椎間隙狹窄，以后有骨質破壞及增生，椎間盤有骨橋形成，為該病X線的特征。
（8）異物植入相關感染 凝固酶陰性葡萄球菌約占異物相關感染病原菌的50%，其中以表葡菌為主。血管內導管、連續腹透管、體液分流系統、人工瓣膜、人工關節、心臟起搏電極、人工成型的乳房及植入的人工晶體等均可為凝固酶陰性葡萄球菌感染的誘因。臨床可表現為局部或全身感染癥狀，多數為不明原因的發熱，去除異物即可痊愈，也可導致嚴重的敗血癥而死亡。
（9）其他 葡萄球菌尚可引起肝、脾、腎膿腫，腎周圍膿腫，心包炎，膿胸等。