現代醫學認為甲狀腺功能減退癥可以由甲狀腺，垂體、下丘腦的功能異常引起。地方性甲狀腺腫是因為飲食中碘不足引起的甲狀腺功能減退。甲狀腺腫是甲狀腺的增生肥大。因為碘缺乏，甲狀腺細胞過度激活增生以便從血液中吸取更多的碘，最后導致甲狀腺增大。母體在妊娠期患自身免疫性甲狀腺疾病，致甲腺發育不良或甲狀腺激素合成障礙也都可導致新生兒甲減的發生。成人甲減最常見原發于甲狀腺本身的損害，主要是由自身免疫性甲狀腺炎（又稱橋本氏病）的后期發展結果所致，是40歲以上女性較多患成人甲減病因。其次因甲亢進行甲狀腺手術或放射性核素治療引起的甲減，偶爾見于甲狀腺痛頸部放射性治療后，急性甲狀腺炎等，除甲狀腺本身疾病外，少數可因垂體或下丘腦病變引起甲狀腺激素合成分泌障礙而發生甲減。