瓊脂糖凝膠電泳
瓊脂糖凝膠電泳是一種以瓊脂糖凝膠為支持物的凝膠電泳，其分析原理與其它支持物電泳的最主要區別是：它兼有“分子篩”和“電泳”的雙重作用。瓊脂糖凝膠具有網絡結構，直接參與帶電顆粒的分離過程，在電泳中，物質分子通過空隙時會受到阻力，大分子物質在泳動時受到的阻力比小分子大，因此在凝膠電泳中，帶電顆粒的分離不僅依賴于凈電荷的性質和數量，而且還取決于分子大小，這就大大地提高了分辨能力。瓊脂糖系天然的瓊脂加工制得，天然瓊脂是一種多聚糖，主要由瓊脂糖（約占80%）及瓊脂膠組成。瓊脂糖是由半乳糖及其衍生物構成的中性物質，不帶電荷。而瓊脂膠是一種含硫酸根和羧基的強酸性多糖，由于這些基團帶有電荷，在電場作用下能產生較強的電滲現象，加之硫酸根可與某些蛋白質作用而影響電泳速度及分離效果，而加工制得的瓊脂糖凝膠為支持物進行電泳可以克服瓊脂不足之處，其優點如下：
1．瓊脂糖凝膠電泳操作簡單，電泳速度快，樣品不需事先處理就可進行電泳。
2．瓊脂糖凝膠結構均勻，含水量大（約占98-99%），近似自由電泳，樣品擴散度較自由電泳小，對樣品吸附極微，電泳圖譜清晰，分辨率高，重復性好。
3．瓊脂糖透明無紫外吸收，電泳過程和結果可直接用紫外監測及定量測定。
4．電泳后區帶易染色，樣品易洗脫，便于定量測定。制成干膜可長期保存。瓊脂糖凝膠通常制成板狀，常用1%瓊脂糖作為電泳支持物。電泳緩沖液的pH
在6～9之間，離子強度最適為0.02～0.05。離子強度過高時，將有大量電流通過凝膠，使凝膠中水份大量蒸發，甚至造成凝膠干裂，電泳中應加以避免。由于瓊脂糖電泳具有較高分辨率、重復性好，區帶易染色、洗脫和定量以及干膜可以長期保存等優點，所以常用于血清蛋白、血紅蛋白、脂蛋白、糖蛋白、乳酸脫氫酶、堿性磷酸酶等同工酶的分離和鑒定，為臨床某些疾病的鑒別診斷提供了可靠的依據。與免疫化學反應相結合發展成為免疫電泳技術，用于分離和檢測抗原。可對目前常用的瓊脂糖進行某些修飾，如引入化學基團羥乙基，則可使瓊脂糖在65℃左右便能熔化，被稱為低熔點瓊脂糖。該溫度低于DNA的熔點，而且凝膠強度又無明顯改變。以此為支持物進行電泳，稱為低熔點瓊脂糖凝膠電泳，主要應用于DNA研究。如DNA鑒定，DNA限制性內切酶圖譜制作等，為DNA分子及其片段分子量測定和DNA分子構象的分析提供了重要手段。
聚丙烯酰胺凝膠電泳
聚丙烯酰胺凝膠是由單體丙烯酰胺和交聯劑又稱為共聚體的N,N’-甲叉雙丙烯酰胺（簡稱Bis）在加速劑和催化劑的作用下聚合交聯成三維網狀結構的凝膠，以此凝膠為支持物的電泳稱為聚丙烯酰胺凝膠電泳(簡稱PAGE)。
一．聚丙烯酰胺凝膠所具有的優點：
1．機械強度好，彈性好，透明，無電滲作用，吸附作用極小。
2．化學性能穩定，與待分離物質不起任何化學反應。
3．樣品不易擴散，且用量少，其靈敏度可達10-6g。
4．凝膠孔徑可調節，根據被分離物的分子量選擇合適的濃度，通過改變單體及交聯劑的濃度調節凝膠的孔徑。
5．分辨率高，尤其在不連續凝膠電泳中，集濃縮、分子篩和電荷效應為一體，因而較醋酸纖維素薄膜電泳、瓊脂糖電泳等有更高的分辨率。
PAGE應用范圍廣，可用于蛋白質、酶、核酸等生物大分子的分離、定性、定量及少量的制備，還可測定分子量、等電點等。聚丙烯酰胺凝膠電泳可分為圓盤電泳、垂直板型電泳、梯度凝膠電泳、十二烷基硫酸鈉-聚丙烯酰胺凝膠電泳、等電聚焦電泳及雙向電泳等技術。盤狀電泳是在垂直的玻璃管內，利用不連續的緩沖液、pH和凝膠孔徑進行電泳而命名的。垂直板型電泳是將聚丙烯酰胺凝膠聚合成薄板狀凝膠，豎直進行電泳，其優點是：在同一條件下可電泳多個要比較的樣品，重復性好。在聚丙烯酰胺凝膠體系中加入十二烷基硫酸鈉（SDS），SDS帶有大量負電荷，當其與蛋白質結合時，所帶的負電荷大大超過了天然蛋白質原有的電荷，從而消除和遮蓋了不同種類蛋白質間原有電荷的差異，均帶有相同電荷，因而可利用分子量差異將各種蛋白質分開。SDS可使蛋白質的氫鍵、疏水鍵打開，因此它與蛋白質結合后，還可引起蛋白質構,[象的改變。基于此，蛋白質-SDS復合物在凝膠電泳中的遷移率不再受蛋白質原有電荷和形狀的影響，而只與蛋白質的分子量有關，可用于蛋白質分子量的測定。
二．凝膠的制備
聚丙烯酰胺凝膠是由單體丙烯酰胺(Acr)和交聯劑N,N’甲叉雙丙烯酰胺(Bis)在催化劑作用下聚合而成，Acr和Bis單獨存在或混合在一起時是穩定的，但在游離基存在時，它們就聚合成凝膠。引發產生游離基的方法有化學法和光學法兩種。
1．化學聚合
常用的催化劑系統有：
（1）過硫酸胺——TEMED(四甲基乙二胺)；
（2）過硫酸胺——DMPN(二甲基氨基丙腈)；
（3）過硫酸胺——三乙醇胺。
上述皆為催化氧化還原體系，稱為化學聚合。其中過硫酸胺產生游離氧原子，使單體成為具有游離基狀態，從而發生聚合。TEMED，DMPN和三乙醇胺的作用是加速劑。分子氧阻止聚合，冷卻也可使聚合速度變慢。對這些因素加以控制，聚合一般在1小時以內可以完成。
2．光聚合
光敏物質核黃素代替過硫酸銨作催化劑。核黃素經強光照射后引發自由基，后者使Acr形成自由基并聚合成凝膠。TEMED并非必需，但加入可加速聚合。