由于致病真菌的不同，又可分為：
①角質癬菌癥，如花斑癬等；
②皮膚癬菌病，如頭癬、體（股）癬、手足癬、甲癬等；
③皮膚和皮下組織真菌病，如孢子絲菌病等；
④系統性真菌病，如組織孢漿菌病等；
⑤條件致病性真菌病，如念珠菌病、隱球菌病等。其中以皮膚癬菌病的發病率最高，可發生在身體各部位，如會陰、手、足等處。
按照菌落形態，真菌可分為酵母菌（yeast）和霉菌（mold）兩大類，前者菌落呈乳酪樣，由孢子和芽生孢子組成，后者菌落呈毛樣，由菌絲組成，故又稱為絲狀真菌。有的致病真菌在自然界或25℃培養時呈菌絲形態，而在組織中或在37℃培養時則呈酵母形態，稱為雙相真菌。
根據真菌入侵組織深淺的不同，臨床上把引起感染的真菌分為淺部真菌和深部真菌。
淺部真菌
淺部真菌主要指皮膚癬菌（dermatophyton），包括毛癬菌屬（Trichophyton）、小孢子菌屬（Microsporum）和表皮癬菌屬（Epidermophyton），其共同特點是親角質蛋白，侵犯人和動物的皮膚、毛發、甲板，引起的感染統稱為皮膚癬菌病（dermatophytosis），簡稱癬（tinea）。目前淺部真菌病仍按發病部位命名（如頭癬、體癬、股癬、手癬和足癬等），少數按皮損形態的傳統命名，如疊瓦癬、花斑癬。皮膚癬菌病為接觸傳染，不潔的衛生習慣、多汗浸漬、共用拖鞋、毛巾、梳子及接觸患癬的動物是皮膚癬菌傳播的主要途徑。
深部真菌
深部真菌病一般按致病菌命名（如著色芽生菌病、念珠菌病等）。多數深部真菌系條件致病，多侵犯免疫力低下者，近年來隨著廣譜抗生素、糖皮質激素、免疫抑制劑、抗腫瘤藥物的使用增多，器官移植、各種導管和插管技術的開展以及艾滋病患者的增多，條件致病菌的感染機會也不斷增加，同時還發現了許多新的致病菌種。