MRCP可清晰顯示主胰管、膽囊和膽管，對于膽道系統病變及胰管阻塞性病變有很高的敏感性，尤其是對于診斷膽總管囊腫、硬化性膽管炎等有重要價值。對于新生兒黃疸的鑒別診斷，MRCP可以很好地顯示肝外膽管，從而可以診斷是否為先天性膽道閉鎖或新生兒肝炎所致的黃疸。采用三維重建技術，可以從不同角度觀察胰膽管的形態及解剖關系。由于其無創、無需對比度等優點，MRCP將在診斷方面部分取代內鏡逆行胰膽管造影（ERCP）。
