常至患兒消瘦，營養缺乏并發貧血；可并發消化性潰瘍，可致消化道出血，少數可至萎縮性胃炎和胃癌。
1、出血：出血的并發癥有時可以是潰瘍的首發癥狀而無任何前驅表現。嘔血一般見于胃潰瘍，吐出物呈咖啡樣，而黑便較多見于十二指腸潰瘍。當出血量較多時任何一種潰瘍可同時表現嘔血與黑便，在小兒胃內引流物呈血性多提示胃出血但引流物陰性者，不能排除十二指腸潰瘍合并出血的可能(因為血液可不經幽門反流入胃)。
2、穿孔：穿孔較出血少見得多，潰瘍穿孔常突然發生，可無任何先兆癥狀。少數兒童可無潰瘍病史以穿孔并發癥為首發癥狀經手術證實為十二指腸潰瘍伴穿孔。在新生兒早期也可見應激性胃潰瘍穿孔表現腹痛、腹脹。