甲苯胺藍是常用的人工合成染料的一種，屬于醌亞胺染料類，這類染料一般含有兩個發色團，一個是胺基，一個是醌型苯環，來構成色原顯色。染料除有發色團外，還要有能使色原對組織及其他被染物產生親和力的原子團即助色。助色團能促使染料產生電離成鹽類，幫助發色團對組織產生染色力，使切片上的組織細胞著色。甲苯胺藍不僅含有兩個發色團，還含有兩個助色團，為堿性染料，甲苯胺藍中的陽離子有染色作用，組織細胞的酸性物質與其中的陽離子相結合而被染色。
