20世紀40年代青霉素應用于臨床，顯著改善了患者預后，甲氧西林等耐酶青霉素可有效抑制耐藥株；20世紀60年代出現了遍布世界各地醫院的MRSA菌株感染，對所有β內酰胺類抗生素都耐藥，對其它臨床常用抗菌藥也表現為不同程度耐藥。20世紀90年代后期，美國和澳大利亞先后報道社區獲得或社區相關MRSA(CAMRSA)感染，1998年日本學者對CA MRSA菌株MW2全基因組測序表明CA MRSA菌株與HA MRSA菌株具有不同的基因背景。
與HA MRSA相比較CA MRSA菌株帶有PVL毒力基因。PVL(Panton Valentineleucocidin)是一種殺白細胞的外毒素，由噬菌體攜帶后與金葡菌染色體結合，可破壞人體白細胞，使人體遭受嚴重組織破壞，在兒童和成人患者產生壞死性皮膚損害和壞死性肺炎等。
原因 mecDNA是耐甲氧西林葡萄球菌特有的DNA序列，長約30一45kb，位于細菌染色體上；mecA基因大量表達一種特殊的與β—2—內酰胺類抗生素結合活性很低的青霉素結合蛋白PBP2a，因此表現出耐藥性。它包含于一個被稱為SCCmec，SCCmec為一移動基因系列，它可作為mec基因在葡萄球菌之間水平傳播的載體，使MRSA得以傳播。同時SCCmec還可能整合除mec基因之外的許多耐藥基因，因而MRSA表現多重耐藥。SCCmec按內部結構組成的不同分為四種基因型別，不同的型別其耐藥特征和流行不一樣。