經典電泳色譜儀分離模式有自由界面電泳、紙電泳、醋酸纖維素薄膜電泳、聚丙烯酰胺凝膠電泳、SDS－PAGE電泳、瓊脂糖凝膠電泳、等電聚焦電泳和等速電泳等。經典電泳儀由于受到焦耳熱的限制，只能在低電場強度下進行電泳，分離時間長，分離效率低。
一、自由界面電泳：
1、原理：溶液在U型管中，根據樣品各組分泳動速度的不同進行分離。
2、特點：沒有載體，對流比較嚴重，組分不能完全分離，成分相互重疊，檢測困難。
3、應用：目前很少用。
二、紙電泳：
1、載體：濾紙。
2、原理：由于載體孔徑大，沒有分子篩效應，主要根據樣品各組分質荷比的不同進行分離。
3、特點：濾紙結構疏松，微孔較大，致使電泳速度慢，時間長，樣品擴散嚴重，分辨率低。
4、應用：多用于核苷酸的分離。
三、醋酸纖維素薄膜電泳：
1、載體：醋酸纖維素薄膜。
2、原理：由于載體孔徑大，沒有分子篩效應，主要根據樣品各組分質荷比的不同進行分離。
3、與紙電泳相比的優點：電滲影響小，化學惰性好，能將對流降到zui小。
4、應用：適用于蛋白質和同工酶等的分離分析，特別適合病理情況下微量異常蛋白質的檢測。
四、聚丙烯酰胺凝膠電泳：
1、載體：聚丙烯酰胺凝膠。
2、原理：質荷比和分子篩效應。
3、特點：機械強度好，透明有彈性，化學性能穩定，無吸附作用，幾乎無電滲作用，可制成不同孔徑的凝膠，分辨率高。
4、應用：用于蛋白質和較小分子核酸的分離。
五、SDS－PAGE電泳：
1、載體：聚丙烯酰胺凝膠。
2、原理：分子篩效應。
3、特點：樣品無需純化，操作簡便快速，重復性高。
4、應用：目前測定蛋白質亞基相對分子量的zui好方法。
六、瓊脂糖凝膠電泳：
1、載體：瓊脂糖凝膠。
2、原理：分子篩效應。
3、特點：凝膠孔徑大，對樣品吸附極微，分辨率高，重復性好。
4、應用：用于核酸的分離。
七、等電聚焦電泳：
1、載體：聚丙烯酰胺凝膠等。
2、原理：利用蛋白質分子或其它兩性分子等電點的不同，在一個穩定、連續、線性的pH梯度中進行分離。
3、特點：分辨率高，區帶清晰且窄，分辨率至少可達0.01 pH單位。
4、應用：分離對象只限于蛋白質和其它兩性分子，常用于同工酶的分離分析和pI測定。
八、等速電泳：
1、載體：聚丙烯酰胺凝膠等。
2、原理：用淌度比樣品中任何組分的淌度都大的電解質作為先導電解質，用淌度比樣品中任何組分的淌度都小的電解質作為尾隨電解質，樣品組分夾在先導電解質和尾隨電解質之間，根據各自淌度的不同進行分離。
3、特點：區帶界面明顯，具有富集和濃縮作用。
4、應用：目前應用不多。