前言
本期，我將帶大家使用PyMOL軟件（搭配Photoshop、MS Powerpoint）繪制D715-2441與PB2cap的結合模式圖。
我們先來看一張成品圖：
研究背景
根據上期的分析結果，我們獲得以下相互作用：
1、化合物D715-2441的芳環夾在氨基酸殘基H357和F404之間并形成π-π堆積作用，還與F404形成疏水作用；
2、化合物苯環上的羥基與E361的羧基和K376的N+原子形成氫鍵作用，另一個羥基與F404的O原子形成氫鍵作用；
3、化合物吡喃酮環酯基與K339的N+原子和H357的咪唑基形成鹽橋作用。
軟件工具
制作一張精美的結合模式圖需要用到三款軟件：PyMOL（及其插件center_of_mass.py）、Photoshop（PS）和MS PowerPoint（PPT）軟件。
在微信公眾號（殷賦科技）首頁回復“pymol”即可獲得相關軟件、插件的下載鏈接，PyMOL安裝教程請瀏覽《PyMOL及其插件安裝教程》。
操作步驟
PyMOL作圖通常是對特定對象進行展示形式、顏色、字體等方面的修飾。PyMOL的精髓在于命令行與鼠標的配合使用，本文高度依賴命令行，請做好心理準備（如果真的很厭倦命令行，請使用殷賦云計算平臺的作圖工具）。大多數命令格式較為一致，請注意總結歸納。
1. 前期準備工作
下載蛋白-配體復合物文件（rli-D715-2441-1.pdb）：登錄平臺 -> 進入任務詳情頁 -> 查看相互作用分析 -> 下載文件。
我們先來看平臺上的結合模式圖：
平臺提供了相當清晰好看的圖，只要將鼠標放在圖上，右鍵下載即可。對于一般用戶，這樣的圖已經足夠發文章了。今后，我們還將添加更多細節控件，讓你在平臺上點點鼠標即可輕松完成本篇文章的核心內容，制作一張高質量圖片。敬請期待！
2. PyMOL作圖
2.1. 設定工作目錄，打開文件
打開PyMOL軟件，導入剛才下載的復合物PDB文件（rli-D715-2441-1.pdb）。注意：有兩種方法導入文件，一種是鼠標點擊菜單欄File -> Open…，另一種是通過命令行。在這里，我們采用命令來操作，因為這樣可以同時把工作目錄設置好，方便后續保存文件。
假設我們的工作目錄為D:\demo。注意：路徑中不要有中文和空格，這是導致很多計算類軟件（尤其是免費軟件）出現問題的原因。
在PyMOL上界面或下界面的命令輸入框輸入以下命令（PyMOL>表示這是PyMOL的命令），每行輸入完畢后按【Enter】鍵：
2.2. 設置操作對象
結合模式圖通常涉及到受體（蛋白）與配體（小分子化合物）兩部分（有的還可能涉及水分子、金屬離子、輔酶；等等），需為之分別設置對象，以便后續操作。設置配體對象：按照下圖順序，將配體設置為lig對象。