聚丙烯酰胺凝膠電泳色譜儀是以聚丙烯酰胺凝膠作為載體的電泳技術。凝膠的三維網狀結構具有分子篩效應，分子篩效應的大小取決于凝膠孔徑大小與生物大分子大小的接近程度。凝膠總濃度不同，平均孔徑不同，不同大小和形狀的大分子通過篩孔時受到的阻力不同，加上大分子的電荷效應，使遷移率不同的大分子得以分離，廣泛用于蛋白質等生物大分子的分析。
凝膠總濃度與蛋白質相對分子量的關系：
一、蛋白質相對分子量范圍：＜1×104
適用的凝膠總濃度：20%～30%
二、蛋白質相對分子量范圍：1×104～4×104
適用的凝膠總濃度：15%～20%
三、蛋白質相對分子量范圍：4×104～1×105
適用的凝膠總濃度：10%～15%
四、蛋白質相對分子量范圍：1×105～5×105
適用的凝膠總濃度：5%～10%
五、蛋白質相對分子量范圍：＞5×105
適用的凝膠總濃度：2%～5%