胃腸激素與神經系統共同調節消化器官的功能，其作用主要有以下幾個方面。
1.調節消化腺的分泌和消化道的運動
一種激素能對多種胃腸功能有調節作用，一種胃腸功能又受多種胃腸激素的影響。
2.調節其他激素的釋放
抑胃肽有很強的刺激胰島素分泌的作用，這對防止血糖升得過高而從尿中丟失具有重要生理意義。此外，生長抑素、胰多肽、血管活性腸肽等對胰島素、生長激素、胰高血糖素和促胃液素等激素的釋放均有調節作用。
3.營養作用
營養作用是指一些胃腸激素具有促進胃腸道組織的代謝和生長作用。例如，小腸黏膜Ⅰ細胞釋放的縮膽囊素有促進胰腺外分泌組織生長的作用。
4.調節食欲
饑餓激素、瘦素等胃腸激素可調節食欲以及血糖。