1.病原體檢查
糞便或小腸內容物可見包囊或滋養體，十二指腸引流液或內鏡下十二指腸黏膜活檢可檢測出滋養體。
2.免疫學試驗
分為血清抗體和糞抗原檢測兩類。
（1）抗體檢測：可用酶聯免疫吸附試驗（ELISA）和間接熒光抗體試驗（IFA）檢查患者血清抗體。
（2）抗原檢測：可用酶聯免疫吸附試驗（雙抗體夾心法）、斑點酶聯免疫吸附試驗（dot-ELISA）、對流免疫電泳等檢測糞便稀釋液中的抗原，此法不但可用于診斷，也可以用于觀察療效。
3.分子生物學診斷
用聚合酶鏈反應檢測賈第蟲核糖體RNA基因產物，可檢測出相當于一個滋養體基因組DNA量的擴增拷貝。也可用放射性核素標記的染色體DNA探針檢測滋養體和包囊。
4.其他檢查
腹部B超可了解肝、膽情況，還需做胸部X線和心電圖檢查。