1、 臨床懷疑流行性腦脊髓膜炎或化膿性腦脊髓膜炎時，應做細菌學涂片檢查。操作如下：
（1）腦脊液標本2--3ml，以3000rpm離心15分鐘，去上清液，將沉淀物涂在潔凈玻璃片上，共制片2張，涂片自然或在37℃溫箱中干燥固定，且勿用火焰固定。
（2）涂片固定后，一張用亞甲藍染色，另一張用革蘭氏染色。
（3）革蘭氏染色涂片用于檢查肺炎雙球菌、流感桿菌、葡萄球菌、綠膿桿菌、鏈球菌、大腸桿菌等，亞甲藍染色用于檢查腦膜炎雙球菌。如找到細菌，則按其染色性質及形態報告。
（4）如懷疑結核性腦膜炎，可將腦脊液標本靜置24小時，取其液面薄膜涂片，置37℃溫箱中干燥固定，作抗酸染色，油鏡下找抗酸桿菌。
（5）采集標本時應注意污染。觀察時應注意細胞內外的細菌形態，報告時應予以描述。
2、真菌檢查—新型隱球菌的檢查
（1）取腦脊液標本，以2000rpm離心10分鐘，沉淀物涂片，加經過過濾的優質細墨汁一滴，混合后加蓋玻片顯微鏡下檢查。
（2）先用低倍鏡觀察，如發現在黑色背景下有圓形透光小點，中間有一細胞大小的圓形物質，即轉用高倍鏡仔細觀察其結構，新型隱球菌直徑5~20μm，可見明顯的厚夾膜，周圍有較強的折光，并有出芽的球形孢子。
（3）發現上述特征，即可報告墨汁涂片找到“隱球菌屬”。并須進一步作真菌培養。
3、寄生蟲檢查 將腦脊液標本離心，其沉淀物全部倒在玻片上涂片，低倍鏡下檢查可發現血吸蟲卵、肺吸蟲卵、弓形體、阿米巴等。
4、病原體檢查的臨床意義 正常人腦脊液中無病原體。腦脊液標本中如找到病原體，為臨床提供了病因診斷的依據，有確定診斷的價值。如發現細菌，結合臨床表現，可以確診為該種細菌所致的腦膜炎；發現新型隱球菌，則可診斷為新型隱球菌性腦膜炎；發現血吸蟲卵或肺吸蟲卵，可診斷為腦性血吸蟲病或腦性肺吸蟲病。