在臭氧發生器運行系統中，臭氧的投加方式有兩種：一是射流投加系統，二是曝氣投加系統。這兩種投加方式是現有的臭氧技術中比較常見的。當然，這兩種投加方式是各有優缺點的。
1.射流投加系統。優點：轉換效率高；氣體流量低，對混合效果無影響；維護工作在接觸池外進行；對旁流水量的要求不高；占地面積小。缺點有兩個：投資成本較高，運行成本也很高。
2.曝氣投加系統。優點：應用成熟；無活動部件；轉化效率高；低投資；低運行成本。缺點：氣體流量低對混合效果可能會有影響；維護工作需要在接觸池內進行；占地面積大，水池深。
