根據水解程度,蛋白質水解可以分為完全水解：徹底水解得到的水解產物為各種氨基酸的混合物；和部分水解：不完全水解得到的水解產物是各種大小不等的肽段和單個氨基酸。
蛋白酶按水解底物的部位可分為內肽酶以及外肽酶,前者水解蛋白質中間部分的肽鍵,后者則自蛋白質的氨基或羧基末端逐步降解氨基酸殘基。
蛋白水解方式主要有化學水解和酶水解。化學水解是利用強酸強堿水解蛋白,雖然簡單價廉,但由于反應條件劇烈,生產過程中氨基酸受損嚴重,L-氨基酸易轉化成D-氨基酸,形成氯丙醇等有毒物質,且難以按規定的水解程度控制水解過程,故較少采用；而生物酶水解是在較溫和的條件下進行的,能在一定條件下定位水解分裂蛋白質產生特定的肽,且易于控制水解進程,能夠較好的滿足肽生產的需要。