表觀遺傳學測序技術助力三陰性乳腺癌患者分層

　　一組澳大利亞的研究員使用甲基化特異性測序技術發現了三陰性乳腺癌中某些甲基化的差異，這些差異可能具有預后價值。

　　如果患者缺乏雌激素、孕激素受體，并且HER2基因沒有過表達或者擴增，則認為乳腺癌是“三陰性”的。具有三陰性乳腺癌（或TNBC）的患者，可以分成兩部分，即癌癥進展非常迅速或者進展非常緩慢。因此，這些癌癥在臨床管理上是具有挑戰性的，而對患者更好的區分，可以有助于診斷或者具體的治療。

　　在近日《Nature Communications》上發表的研究中，Garvan研究所的研究人員表示，他們使用具有重組甲基化CpG島集合區域的MBD2蛋白的甲基化DNA親和捕獲技術鑒定了不同的甲基化區域，該技術也被稱為MBDCap-SEQ。這個分析技術需要進行福爾馬林固定、石蠟包埋和組織切片。

　　更具體地說，研究人員使用Qiagen公司的Gentra Puregene試劑盒純化FFPE DNA，然后使用Thermo Fisher Scientific的MethylMiner試劑盒分離甲基化的DNA。MBDCap富集的DNA使用Illumina的ChIP-Seq DNA sample prep試劑盒進行測序，并用Agilent High Sensitivity DNA 1000 chip進行文庫制備。該團隊使用MassARRAY甲基化分析驗證了樣品具有不同的特異性的甲基化。

　　與使用Illumina Human Methylation 450K實驗的陣列相比較，該團隊發現，MBDCap-seq方法多得到了400萬個額外的CpG位點，并且在分析某些甲基化區域中更好，例如CpG邊緣和增強子區域。

　　接著，研究人員使用這種方法在19個TNBC活檢樣品和6個對照樣品中，確定了其甲基化差異。他們檢測了822個高甲基化和43個低甲基化區域，之后這些區域在一個更大的樣品中進行了驗證。這些位點分別對應于308個基因。

　　作者將聚光聚集在了只存在于TNBCs中，而不存在與其他乳腺癌患者中的特異性甲基化區域。他們發現了282份TNBC特異性捕獲探針，而這些探針可以在The Cancer Genome Atlas HM450K中區分TNBCs和非TNBCs的腫瘤樣品，具有72%的靈敏度和94%的特異性。此外，他們發現，在36個基因區域中，含有三個或更多的位點，并且這些重疊跨越了含有基因編碼框或者啟動子的DNA。

　　最后，研究人員對這些位點進行了分類分析，表明TNBC特異性甲基化標簽能夠將患者分群，這是通過大量的低甲基化位點區域實現的，其可以更好的對疾病進行預測。使用三個或者更多的標簽位點查詢基因區域，揭示了14個與低生存率相關以及3個與高生存率相關的區域。

　　最近的研究表明，通過BRCA突變篩選TNBC患者可能是另一種可行的途徑。Myriad計劃2015年推出一款同源重組缺失檢測實驗，來幫助指導以鉑類為基礎的的TNBC的治療，在美國分子病理學協會年度會議上，Cepheid描述了一種新的TNBC檢測方法。