與其他方法相比，紫外線消毒具有許多優點。與化學消毒劑不同，在處理水的過程中，紫外線不會產生毒性，也不存在任何殘留物和各種副產品，更不會改變水的味道、氣味或pH值。
飲用水紫外線殺菌可以用來對水進行初步滅菌，或者作為其他凈化方法，例如 ：碳過濾法、反滲透、或者巴氏滅菌的輔助系統。由于紫外線消毒不存在任何殘留，因此最好將該系統放在緊靠出水端的前面，這樣能夠確保流進供水系統里的水中微生物被徹底殺滅，同時在處理后也不再有被再次污染的危險。
