手術是治療輸尿管開口異位的惟一方法，應根據各種不同異位開口類型和腎、輸尿管病變的嚴重程度制訂具體的手術方案。其基本原則：
①患側有嚴重感染，腎盂、輸尿管顯著積水，腎功能基本喪失，而對側腎臟功能又證實良好者，則可行患側腎切除術，如為重復腎，則作重復腎的上腎段切除術，兩者均應盡量將輸尿管大部切除，以免發生輸尿管殘端綜合征，苯酚燒灼殘留的輸尿管內黏膜或電凝燒灼殘端黏膜，可防止結扎殘端輸尿管感染。
②如腎功能尚好或受損不嚴重，應保留腎臟，可選作輸尿管-輸尿管端側吻合術或輸尿管膀胱再植術加抗反流術。
