可以用來研究同一個體不同生長時段和不同組織（或分化結構）或者不同個體之間基因表達差異.原理是：根據中心法則，每一個閱讀框要表達必須先轉錄成mRNA.那么在不同細胞內只要存在基因差異表達現象，肯定就會存在不同的mRNA.我們可以提取細胞的mRNA，然后將其反轉錄為cDNA，并以此來作為PCR模板.由于mRNA的3端具有polyA特殊結構，因此可以這樣設計引物：引物1與cDNA的polyT互補，引物2隨機合成大約10bp左右.PCR產物用1%的瓊脂糖凝膠電泳檢測.這樣通過PCR就可以顯示并放大出mRNA的差異，從而找到差異表達的基因.