酶膜反應器可以根據酶的存在狀態、液相數目、膜組件型式、膜材料類型、反應與分離耦合方式、傳質推動力等的區別,分為不同的類型:
（1）根據酶的存在狀態,可將酶膜反應器分為游離態和固定化酶膜反應器。前者酶均勻地分布于反應物相中,酶促反應在接近本征動力學的狀態下進行,但酶易發生剪切失活或泡沫變性,裝置性能受濃差極化和膜污染的顯著影響。固定化酶膜反應器中,酶通過吸附、交聯、包埋、化學鍵合等方式被“束縛”在膜上,酶裝填密度高,反應器穩定性和生產能力高,產品純度和質量好,廢物量少。但酶往往分布不均勻,傳質阻力也較大。
（2）根據液相數目，可將酶膜反應器分為單液相（超濾式）酶膜反應器和雙液相酶膜反應器。
（3）據膜組件型式的不同可分為板框式、螺旋卷式、管式、中空纖維式。
（4）據材料的不同可分為有機、無機酶膜反應器。
（5）據反應與分離的耦合方式的不同可分為一體式和循環式酶膜反應器。
（6）據傳質推動力的不同可分為壓差推動、濃度差推動、電位差推動等酶膜反應器。