一般認為這些阿米巴為非致病性，雖寄生在人類消化道內但并不侵入人體組織且不引起臨床癥狀。但是大量原蟲寄生或宿主防御功能減弱或合并細菌而致腸功能紊亂時，可能會出現癥狀。例如結腸內阿米巴（Entamoeba coli）、哈門氏內阿米巴（Entamoeba hartmani）、微小內蜒阿米巴（Endolimax nana）、布氏嗜碘阿米巴（Iodamolbe butschlii）和齒齦內阿米巴（Entamoeba gingivalis）。尤其是前兩者經常在糞檢中檢到，但不引起臨床癥狀，若其包囊存在于水中則提示水源的糞便污染。在意大利的精神病院的一項調查中發現這類原蟲的存在與異食癖、食土癖、食糞癖等心理失常顯著有關，提示不正常的飲食習慣引起非致病性阿米巴感染的原因。