在實驗中經常會出現假陽性和假陰性的結果，假陽性主要是由于脫色不完全，可能是由于涂片過厚，或者是結晶紫染色過度，導致脫色不完全。假陰性可能是因為細胞固定過度，造成細胞壁通透性的改變，而出現假陰性結果；另外，細胞培養時間太長，可能已經有部分細胞發生死亡或者自溶，也導致細胞壁通透性的改變而出現假陰性結果。
