1、將儀器放置在干燥通風的環境中，插上電源，觀察儀器控制顯示器是否正常亮燈。打開儀器，測試控制按鈕是否能正常使用，儀器空載運行時是否有異響。
2、將適量樣品和研磨球放入球磨罐中，注意不要裝滿，要預留一定的研磨空間。初次研磨建議保持樣品和研磨球各占球磨罐容積的三分之一。
3、若需要預冷凍，可將裝有樣品的球磨罐放入液氮環境中冷卻3分鐘以上，然后再裝入儀器進行研磨。使用液氮進行預冷凍時，應做好防護措施，防止被凍傷。
4、將球磨罐放入高通量組織球磨儀的夾具內，慢慢轉動轉輪，依靠自動中心定位的緊固裝置固定好球磨罐，蓋上蓋子。