常見有兩種方法，一種是利用HeLa229細胞或McCoy細胞等進行分離培養，另一種則是通過雞胚卵黃囊接種培養，隨后均經過姬姆薩染色或熒光染色，最終利用顯微鏡鑒定包涵體。
細胞分離培養一直被視為衣原體檢測的標準方法。該法的敏感性顯著高于雞胚培養法，而且某標本接種細胞的盲傳培養可提高分離率。衣原體可在多種細胞中增殖、分離或培養最常用是McCoy和L929細胞。其他傳代細胞如BHK21、LF、Vero等傳代細胞均可供選用。用熒光標記的抗體、酶結合的單克隆抗體、碘或姬姆薩氏染色，胞漿中若出現特征性的包涵體，即可考慮存在衣原體。
由于絕大多數衣原體可在5～9d齡雞胚卵黃囊內生長繁殖，雞胚卵黃囊接種培養接種用的病料應預先用滅菌肉湯或Hank’s液制成10%的組織懸液，如有雜菌，需在懸液中加入鏈霉素（50mg/ml）和慶大霉素（50mg/ml），4℃下作用4～14h后，離心取上清液接種雞胚卵黃囊，每胚0.3～0.5ml。繼續培養，棄去前2d死亡的雞胚。一般于接種后5～12d死亡，將死亡雞逐漸形成的卵黃囊自雞胚割離。并將其剪破，無菌生理鹽水沖洗卵黃囊膜，除去卵黃，夾取卵黃囊膜一小塊涂片，染色鏡檢。
細胞培養不利的一方面是必需有可以被檢測的感染組織或器官，這就要求采樣后要及時送到實驗室，運輸媒介要合適，不能混有青霉素，保持4℃或者液氮冷凍。