（一）細胞內有多種特異的核酸內切酶,可識別DNA的損傷部位,在其附近將DNA單鏈切開,再由外切酶將損傷鏈切除,由聚合酶以完整鏈為模板進行修復合成,最后有連接酶封口。
（二）堿基脫氨形成的尿嘧啶、黃嘌呤和次黃嘌呤可被專一的N-糖苷酶切除,然后用AP（apurinic/apyrimidinic,缺嘌呤或缺嘧啶）核酸內切酶打開磷酸二酯鍵,進行切除修復。DNA合成時消耗NADPH合成胸腺嘧啶,可與胞嘧啶脫氨形成的尿嘧啶相區別,提高復制的忠實性。RNA是不修復的,所以采用“廉價”的尿嘧啶。
（三）切除修復不需光照,也稱暗修復。大腸桿菌中有UvrABC系統,可切除修復嘧啶二聚體。人體缺乏相應系統則發生“著色性干皮病”,皮膚干燥,有色素沉著,易患皮膚癌。可加入T4內切酶治療。