在原核生物中，起始密碼子的選擇取決于核糖體的小亞基與mRNA模板之間的相互作用。30S亞基與處于緊靠正確起始密碼子上游的富含嘌呤的mRNA模板結合，這個區稱為SD序列（Shine—Dalgarno sequence），它與16S rRNA 3'端的一個富含嘧啶區互補。
在起始復合物形成過程中，這些互補的核苷酸配對形成可使mRNA與核糖體結合的雙鏈RNA結構，結果將起始密碼子定位在核糖體的P位。
