蛋白質在聚丙烯酰胺凝膠中電泳時，它的遷移取決于它所帶電荷以及分子大小和形狀等因素。在聚丙烯酰胺系統中加入陰離子去污劑十二烷基磺酸鈉（SDS），大多數蛋白質能與SDS按一定比例結合，即每克蛋白質結合1.4g的SDS－復合物都帶上相同密度的負電荷，它的量大大超過了蛋白質分子原有的電荷量，因而消除了蛋白質原有的電荷差別，使蛋白質分子電泳的遷移率主要取決于本身的分子量，而與蛋白質所帶的電荷無關，在一定條件下，蛋白質的分子量的對數與電泳遷移率間呈負相關。
操作步驟
1、凝膠制備：
用兩塊電泳玻璃板制成垂直板槽（不能漏膠）,垂直放置.將配制好的分離膠溶液倒入,滴加入無離子水,待凝膠聚集后,倒出無離子水,用吸水紙吸干,倒入濃縮膠,再插入梳子.
2、上樣：
分別取樣品若干ml于離心管中,按1/1～1/5比例加入5×樣品緩沖液,再沸水浴中加熱3～5min,取出待用.用微量注射器分別吸取不超過30μl不同濃度的標準蛋白樣品和試驗樣品注入樣品槽.點樣結束后,調節電泳儀電流到10mA（2～3mA/em）,保持電流穩定不變,當溴酚藍遷移到離分離膠底1～2cm時,即可停止電泳.
3、染色：
電泳完畢后,取出凝膠板,浸入染色液中,在37℃溫箱中保溫過夜.倒掉染色液,24h后,即可看到清晰的蛋白質條帶.
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