Y染色體（Y chromosome）是決定生物個體性別的性染色體的一種。男性的一對性染色體是一條x染色體和一條較小的y染色體。在雄性是異質型的性決定的生物中，雄性所具有的而雌性所沒有的那條性染色體叫Y染色體。
對哺乳類來說，它含有SRY基因，能夠觸發睪丸的發生，因此決定了雄性性狀。人類的Y染色體中包含約6千萬個堿基對。
Y染色體上的基因只能由親代中的雄性傳遞給子代中的雄性（即由父親傳遞給兒子），因此在Y染色體上留下了基因的族譜，Y-DNA分析現在已應用于家族歷史的研究。
