腎上腺皮質激素的副作用是促進蛋白質分解和抑制蛋白質的合成，產生負氮平衡；可增加鈣磷代謝，同時有抗維生素D的作用，以至影響鈣的吸收；長期應用還可抑制骨細胞的活力，使骨質形成發生障礙，可致骨質疏松，甚至發生骨折。另外，腎上腺皮質激素有對抗生長激素的作用，能抑制骨骼生長及蛋白質合成。長期較多量應用腎上腺皮質激素會發生庫欣綜合征，會影響小兒的生長發育，造成矮小。
